Cách nay hơn 300 năm, trong khoảng từ năm 1683 đến 1693, một vị Thiền sư từ Trung Hoa đến đất Thuận Hóa, tại núi Hoàng Long mà hiện nay thuộc phường Trường An, thành phố Huế, tỉnh Thừa Thiên – Huế; dựng thảo am để tu hành và hoằng đạo, đó chính là ngài Minh Hoằng Tử Dung, tổ sư khai sơn và chùa được gọi là Ấn Tôn tự.

Đến đầu thế kỷ thứ 18, một vị thiền sư từ Phú Yên ra Thuận Hoá tìm thầy học đạo. Ban đầu vị Thiền sư ấy đến học với Giác Phong Lão Tổ ở thảo am Báo Quốc, sau khoảng hơn 10 năm, vào năm 1695 Ngài đến chùa Thiền Lâm thọ Sa-di với Thạch Liêm Hòa Thượng, hai năm sau, 1697 Ngài thọ Cụ túc giới với Từ Lâm Lão Tổ tại chùa Từ Lâm. Năm 1699 Ngài đến cầu học với Tổ Minh Hoằng Tử Dung ở Ấn Tôn. Năm Nhâm Ngọ (1702) Tổ trao công án cho Ngài: “Vạn pháp qui nhất, nhất qui hà xứ” và mười năm sau, vị Thiền sư trình kệ “Dục Phật” được Tổ Ấn chứng truyền tâm ấn. Từ đó, vị Thiền sư người Việt đắc đạo với phái thiền Lâm Tế, và được kế truyền theo pháp kệ của tổ Minh Hoằng Tử Dung, pháp danh là Thiệt Diệu hiệu Liễu Quán. Sau đó, Tổ Liểu Quán đã khai sơn Tổ đình Thiền Tôn và biệt xuất một dòng kệ 48 chữ: “thiệt tế đại đạo, …” lưu truyền tông phong rạng rỡ trên đất Huế mãi cho tới ngày nay.

Năm 1703, thảo am đã được vua cấp chiếu chỉ xây dựng chùa và ban cho hiệu Sắc tứ Ấn Tôn Tự. Đến thời Tây Sơn (1786-1801) các chùa chiền trên đất Thuận Hoá phần lớn đều bị phá huỷ, hoặc biến cải thành những nơi làm việc, chùa Ấn Tôn do vậy cũng bị phá huỷ. Đến thời Gia Long, vào năm 1808, ngài Đạo Trung Trọng Nghĩa đứng ra trùng tu Tổ đình Ấn Tôn khang trang hơn, chùa có tiền đường, thờ 3 gian, có lầu chuông, gác trống, nóc có rồng, phượng hẳn hoi, chính trong giai đoạn này chùa có đúc một quả chuông đồng nặng 416 cân, có khắc ấn triện hàng chữ “Gia Long tuế thứ Quí Dậu niên mạnh hạ nhị thập tam nhật mùi thời chú”, (3 giờ chiều, 23/4/1812 – thời Gia Long). Năm 1841 (Thiệu Trị nguyên niên) vua đã hạ chỉ đổi tên chùa thành Từ Đàm Tự.

Năm 1932 hội An Nam Phật Học được thành lập tại Huế thì chùa Từ Đàm chính thức được chư Sơn môn chuyển giao lại cho Hội để làm trụ sở.

Ngày 18 tháng 12 năm 1938, tức ngày 27 tháng 10 năm Bảo Đại 13, Lễ đặt đá xây dựng chùa Tù Đàm được tổ chức rất trọng thể, có sự tham dự của Đại diện Tăng già, Hoà thượng Như Đông Đắc Quang, Tăng cang chùa Linh Mụ; Đại diện cư sĩ Phật tử, Bác sĩ Tâm Minh – Lê Đình Thám, Chánh hội trưởng An Nam Phật Học Hội Thừa Thiên và Đại diện chính phủ Nam triều. Chùa Từ Đàm mà lúc đó gọi là chùa Hội quán Hội Phật Học Thừa Thiên và cũng là trụ sở của An Nam Phật Học Hội. Hội này gồm có 5 vị Trưỡng Lão Hòa thượng mà Hòa Thượng Giác Tiên đứng đầu, và 17 vị cư-sĩ do B.S Tâm Minh – Lê Đình Thám làm Chánh hội trưởng. Đến năm 1938, chùa Từ Đàm là nơi phát tích phong trào chấn hưng Phật giáo cho cả 7 tỉnh suốt dãi đất miền Trung.

Chùa Từ Đàm kể từ khi đặt đá, xây dựng trong khoảng thời gian 2 năm mới hoàn thành, và sau đó đúc thêm tượng đức Phật Thích-ca bằng đồng cao 1m32, ngồi kiết già trên tòa sen, tay bắt ấn Tam muội. Tượng Phật nầy là công trình nghệ thuật điêu khắc của đạo hữu Mai Trang Nguyễn Khoa Toàn và nhà đúc tượng Nguyễn Hữu Tuân. Lễ rót đồng đúc tượng vào lúc 8 giờ sáng ngày rằm tháng 7 năm Canh Thìn (1940) tại khuôn viên chùa Từ Đàm.

Năm 1951, Hội nghị Thống nhất Phật giáo Việt Nam được tổ chức tại chùa Từ Đàm. Đây là một Hội nghị toàn quốc lần đầu tiên có ý nghĩa rất quan trọng đem lại thành quả là sự ra đời Tổng Hội Phật Giáo Việt Nam và Hội chủ là Hoà thượng Thích Tịnh Khiết. Từ đó Phật giáo khắp mọi miền đất nước đã sinh hoạt rất có qui củ và chặc chẽ; lá cờ Phật giáo Quốc Tế có 5 màu rực rỡ được treo; và Phật giáo Việt Nam lúc bấy giờ được công nhận một thành viên của Hội Phật giáo Quốc Tế. Và cũng từ đó, Ban Quản Trị Trung Ương của Tổng Hội Phật giáo Việt Nam được đặt trụ sở tại chùa Từ Đàm Huế.

Vào ngày Phật Đản năm 1963, chính quyền Ngô Đình Diệm đã buộc Tổng hội Phật giáo ở Huế hạ cờ Phật giáo; sự việc xảy ra vào chiều ngày 07-05-1963. Ngày 10-05-1963 các vị Lãnh đạo Phật giáo họp tại Từ Đàm hoạch định đường lối, phương pháp tranh đấu để bảo vệ Phật giáo và đòi hỏi công bình xã hội. Một bản Tuyên Ngôn được soạn thảo, nêu ra năm nguyện vọng của Phật giáo đồ. Bản Tuyên Ngôn này được gởi tới chính quyền Ngô Đình Diệm. Tiếp theo đó, cuộc đấu tranh bảo vệ Đạo Pháp chuyển vào Sài gòn và đặt Trung tâm tại chùa Xá Lợi. Và cuối cùng chính quyền Ngô Đình Diệm được thay thế bởi chính quyền mới vào ngày 01-11-1963.

Năm nay, – 2006, PL. 2550 – Nhân dịp tu sửa vì dột nát, chùa mở rộng tầm vóc thêm lần nữa, nhưng vẫn giữ duyên xưa, với kiến trúc ngôi chùa Tổ, theo ý tưởng của Hoà thượng Trú trì, Thích Thiện Siêu cùng với chư Tôn thiền đức trưởng thượng cũng như toàn Ban Trị sự Giáo hội đã đồng thuận dự án đại Trùng tu chùa, và Lễ Đặt đá trùng tu lần này được tổ chức vào ngày 10 tháng 6 năm Bính Tuất (04.07.2006).

Sau hơn một năm thực hiện chùa đã được hoàn thành và làm lễ An vị Phật vào ngày 15 tháng 11 năm Đinh Hợi (24.12.2007) vào dịp huý nhật Tổ Khai sơn của Tổ đình Từ Đàm.

Như vậy, Từ Đàm là một ngôi Tổ đình xa xưa, nhưng vẫn là một ngôi chùa Hội, là Trung tâm hoằng giáo của Giáo hội Phật giáo Thừa Thiên Huế vậy./.